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Epicentre酶的选购指南

浏览次数: 日期:2014-12-5

Epicentre酶的选购指南

指南


Mesophilic DNA Polymerases

5´→3´ 核酸外切酶 3´→5´ 核酸外切酶 Nick 翻译 加热失活 链置换
RepliPHI™ Phi29 DNA Polymerase ++ 10 min, 65°C ++++
DNA Polymerase I, E. coli + ++ + 20 min, 75°C
Klenow DNA Polymerase ++ 20 min, 75°C +
Exo-Minus Klenow DNA Polymerase 20 min, 75°C +
T4 DNA Polymerase +++ 20 min, 75°C
Terminal deoxynucleotidyl Transferase, Recombinant 20 min, 70°C

a.表示标准条件下处理后完全失活。

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Thermophilic DNA Polymerases

Enzyme 5´→3´ 核酸外切酶 3´→5´ 核酸外切酶 热稳定性a 灵活性b
MasterAmp™ AmpliTherm™ DNA Polymerase NT NT
MasterAmp™ Taq DNA Polymerase + 9 min, 97.5°C 0.38-1.82 x 104
MasterAmp™ Tfl DNA Polymerase + 40 min, 95°C 8.3-9.0 x 105
MasterAmp™ Tth DNA Polymerase + 20 min, 95°C 2.2 x 104
DisplaceAce™ DNA Polymerase 30 min, 65°C NT

a. 表示半衰期: 在稳定的温度和一定的时间处理后,酶的活性仅保留50%。
b.Defined as the average number of correct nucleotides the polymerase incorporates before making an error. NT, not tested.

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DNA和RNA连接酶

Enzyme 连接温度 辅因子 是否需要连接模板 末端连接类型 主要应用 加热失活的温度
平末端 粘性末端
T4 DNA Ligase 4°C-25°C ATP 否(a) 克隆 15 min, 65°C
Ampligase™ DNA Ligase 20°C-95°C NAD 是; 仅DNA 模板-依赖性连接 No; half-life
1 hr, 95°C
CircLigase™ ssDNA Ligase 20°C-65°C ATP 单链DNA连接 NA( b) 制作单链DNA循环 5 min, 100°C
CircLigase™ II ssDNA Ligase 20°C-65°C 不需要 单链DNA连接 NA(b) 制作单链DNA循环 2 min, 100°C
E. coli DNA Ligase 5°C-20°C NAD 是; 仅DNA 弱活性 制作长cDNA 20 min, 65°C
Fast-Link™ DNA Ligase 20°C ATP 否(a) 快速连接 10 min, 65°C
T4 RNA Ligase 37°C ATP 单链DNA 和单链RNA连接 连接RNA 到DNA上 连接单链RNA到单链RNA 或单链DNA上 15 min, 65°C
Thermostable RNA Ligase 25°C-60°C ATP 单链RNA连接 NA(b) 连接单链RNA到单链RNA或单链DNA 5 min, 100°C
T4 RNA Ligase 2, Deletion Mutant 25°C 不需要 连接RNA 连接 DNA或 RNA到RNA上 cDNA文库创建 20 min, 65°C

a.这些酶连接双链DNA的平末端, 但是如果在DNA或RNA的模板上连接效率更高。
b. 不适用。

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DNA和RNA上的核酸活性

底物 活性 产物 应用 加热失活温度
Terminator™ 5´-Phosphate-Dependent Exonuclease 单链DNA 或单链RNA 5´→3´核酸外切酶可以水解单链DNA 或带有5´-单磷酸末端的单链RNA,但不可以连接 5´-羟基, 5´-三磷酸,或 5´-加帽端 dNMPs 或NMPs Removal of 5´-单磷酸DNA、引物或寡核苷酸的去除。Enrichment of单链DNA或缺乏5´-磷酸基团的单链RNA 的富集 10 min, 65°C
OmniCleave™ Endonuclease 单链DNA, 双链DNA, 或RNA 核酸内切酶能够有效的水解DNA和RNA 二-,三-, 四-核苷酸 蛋白质制备过程中DNA和RNA的去除。从噬菌体制备过程中去除宿主DNA No

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DNA Endonucleases

底物 水解活性 产物 应用 加热失活温度
RNase-Free DNase I
(牛胰脏)
双链DNA 和单链DNA 二价阳离子被激活. Mg2+存在的条件下, 它随机切割每一条DNA链,并且独立的优先选择临近的嘧啶. 在Mn2+的存在下, 它同时切割两条链,产生带有1-2游离碱基的平末端的DNA片段。 寡核苷酸以及带有5´磷酸盐和3´-OH的dNMPs RNA制备中去除DNA . 双链DNA的随机切割. DNA酶的足迹 20 min, 75°C
Baseline-ZERO™ DNase 双链DNA和单链 DNA 水解双链DNA或单链DNA 水解成单核苷酸 单核苷酸 从RNA制备中去除DNA 20 min, 75°C
Endonuclease IV, E. coli 带有脱碱基位点的双链DNA Cleaves sugar-phosphate bond 5´ of an abasic site 带有单核苷酸间隙的双链DNA . 已切割的单链DNA 有一个3´-OH DNA修复和抗癌药物的研究. 含有dUMPs的DNA碱基切除序列的扫描 NT
T4 Endonuclease V 紫外线照射的DNA 带有胸腺嘧啶二聚体 首先切割N-胸腺嘧啶二聚体的5´端, 然后裂解糖-磷酸的脱碱基位点的3´端 Nicked dsDNA with an abasic site at the 3´ end of the cut and thymine-dimer bases at the 5´ end of the cut 研究暴露在紫外灯下的DNA的修复 NT
Lambda Terminase dsDNA with cos sites 在λ噬菌体cos 位点上切割两条链 5´ ends with overhangs 12 bases in length Rapid sizing or restriction mapping of BAC, fosmid, or cosmid clones NT
Pvu Rts1I Endonuclease dsDNA 切割带有5-羟基甲基胞嘧啶的双链DNA(5-hmc) 3´ ends with overhangs 2 bases in length Analyzing 5-hmc patterns within a genome NT

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DNA Exonucleases

底物 活性 产物 应用 加热失活
Exonuclease I, E. coli 单链DNA 3´→5´核酸外切酶活性 dNMPs 单链DNA和寡糖核苷酸的去除 15 min, 80°C
Exonuclease III, E. coli 双链DNA 3´→5´ 核酸外切酶活性 从that digests duplex DNA 从3´ 末端的缺口、平末端、3´凹陷末端水解双链DNA。对硫代核苷酸无活性。 核酸外切酶III还有一个3´-DNA 磷酸酶和嘌呤DNA核酸内切酶活性. dNMPs和相反链的单链 。部分水解产生双链DNA 。 使用S1核酸酶或Mung Bean 核酸酶进行嵌套水解。模板测序的单链DNA的制备。标记单链特异性探针的制备。 20 min, 70°C
Exonuclease VII 单链DNA 核酸外切酶能够水解5´→3´ 和3´→5´方向。 dNMPs 引物和单链寡糖核苷酸的去除. 10 min, 95°C
Plasmid-Safe™ ATP-Dependent DNase 线性单链DNA 和双链DNA 选择性水解线性DNA. 在缺口处或封闭环状DNA无活性。 dNMPs 从质粒 和BAC 制备中去除染色体DNA片段. NT
Lambda Exonuclease 双链DNA 5´→3´ 核酸外切酶 水解5´-磷酸平末端或凹进末端的双链DNA。它在5´-羟基末端有很低的活性, 在切口DNA除无活性。 dNMPs 和 相反链的单链部分水解产生双链DNA 有单链DNA的 3´ 扩展。 用于测序的单链DNA 模板的制备 10 min, 75°C
RecBCD Nuclease, E. coli 双链DNA 和单链DNA ATP- 和Mg2+-依赖的核酸外切酶活性, 水解线性DNA的5´→3´和 3´→5´ 方向. Not active 在切口或是闭合环状双链DNA中无活性。 dNMPs 去除环状DNA中的线性DNA. NT
Rec J Exonuclease 单链DNA 5´→3´ 核酸外切酶活性水解单链DNA带有 5´磷酸或5´羟基的单链DNA dNMPs 去除引物和双链DNA中的单链DNA. 20 min, 65°C
T5 Exonuclease 双链DNA 和单链DNA 5´→3´ 核酸外切酶活性,在 1-10 mM Mg2+ ions存在下单链特异性核酸酶切酶活性。在<1 mM Mg2+存在下, 5´→3´核酸外切酶能够水解闭合环状双链DNA的一个切口,并且不需要水解另一条链。 dNMPs. 环形单链DNA,在Mg2+浓度<1mM情况下从闭合环状的双链DNA中获得。 质粒突变. 寡核苷酸的定点突变. 去除质粒制备中的线性DNA. 环形单链DNA的制备。 NT

a. NT, not tested.

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RNA Endonucleases

底物 活性 产物 应用 加热失活
RNase A 单链RNA 裂解嘧啶残留的单链RNA 的3´ 端。 有3´-胞苷或3´-尿苷残留的寡核苷酸 在DNA制备中去除RNA.RNA酶保护分析. RNA 映射和结构研究。 NT
RNase I, E. coli 单链RNA 剪切单链RNA 中的核苷酸对. 有5´-OH 和2´,3´-环状磷酸残留的NMPs (核基质蛋白) DNA制备中去除RNA。RNA酶保护分析。 在RNA:RNA或RNA:DNA 杂交体中检测单碱基对的不一致性。 15 min, 70°C
RNase III, E. coli 双链RNA 在Mg2+存在下剪切dsRNA中12-15bp的dsRNA。在20mM Co2+或Mn2+存在下剪切18-25bp的dsRNA。 含有5´磷酸和两个-碱基 3´突出端 带有3´ OH的双链RNA 长的双链RNA到短双链RNA的随机剪切. RNA干扰 (RNAi). 研究RNA的结构, RNA的加工和成熟。 No
RNase H, E. coli RNA:DNA混合体中的RNA 在 RNA:DNA 按比例混合的链中剪切RNA并且不会影响未混合的RNA或DNA. 含有 5´磷酸和3´ OH的寡核苷酸 去除第二条链合成以前的RNA 。去除mRNA杂交到寡核苷酸 oligo(DT).过程中的poly(A) 尾巴。 10 min, 65°C
Hybridase™ Thermostable RNase H RNA:DNA 按比例混合的RNA 在 RNA:DNA 按比例混合的链中剪切RNA并且不会影响未混合的RNA或DNA. 含有 5´磷酸和3´ OH的寡核苷酸 高度严格的杂交筛选. No
RNase T1, Aspergillis oryzae 单链RNA 剪切单链RNA 3´或GMPs Oligoribonucleotides 有3´-GMP 残留的寡核苷酸 DNA 制备中RNA的去除. NT
RiboShredder™ RNase Blend 单链RNA 高效降解所有d RNA. NMPs Removal or all RNA frm 去除基因组和克隆制备中的RNA。 No

a. NT, not tested.

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DNA Glycosylases and Excision Mixes

底物 活性 产物 应用 加热失活
HK™-UNG Thermolabile Uracil-N-Glycosylase 双链DNA 或单链DNA 包含dUMP 去除DNA中的残留的dUMP碱基。. 尿嘧啶和碱基 DNA. 通过AP裂解酶碱基位点可以随后被切割例如:核酸内切酶IV或是通过热和碱处理。 含有DNA的dUMP的片段。在dUMP位点中,切除DNA的特异性位点。有dUMP残留的DNA的碱基切除序列的扫描. 10 min, 65°C
Uracil-DNA Excision Mix 双链DNA 或单链DNA 包含dUMP 切割dUMPs的5´糖磷酸键 . 带有单核苷酸的双链DNA,所残留的 dUMP已经被除去。或是单链DNA 。 含有DNA的dUMP的片段。 在dUMP位点中,切除DNA的特异性位点。有dUMP残留的DNA的碱基切除序列的扫描。 10 min, 65°C

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